Depois de muito esperar eu resolvi dar uma passada no canal #gedit da rede GIMPnet, canal onde você pode encontrar os desenvolvedores tanto do GktSourceView quanto do Gedit. Assim que eu entrei lá acabei descobrindo que tinham lançado a versão 1.9 do GtkSourceView, na qual o novo sistema de highlight estava funcionando e com ele além da possibilidade de termos sintaxe de ruby + html, por exemplo, também poderíamos usar temas, assim como no Vim e em muitos outros editores.
Ótimo! Os desenvolvedores estão se mexendo, contrariando um pouco minha teoria de que o GtkSourceView estava seguindo os passos do Gaim (Pidgin). Passos lentos.
Apenas as palavras do Changelog não iriam matar minha curiosidade, eu precisava ver isso funcionando, então eu baxei o GtkSourceView 1.9 pelo SVN e compilei tudo. O muntyan, um dos desenvolvedores do widget, foi bem atencioso e me ensinou algumas coisas que eu precisava para começar a mexer com os temas, inclusive me mandou um patch para consertar um problema com o cursor.
Depois de um pouco de conversa e de fuçar um bocado os arquivos resolvi criar um tema para a novo engine de highlight do GtkSourceView. A idéia é tentar fazer uma versão do tema Inkpot, originalmente criado para o Vim. O tema ainda está em desenvolvimento, mas vocês já podem ver um prévia de como ele será:

Fica o aviso para quem quiser contribuir, eles estão precisando de novos temas, tanto os darks quanto os de fundo branco.